תחום התמחותה המחקרי והקליני של פרופ' אלי הוא מחקר וטיפול בהיבטים פסיכולוגיים והתנהגותיים הקשורים לטיפול דנטאלי. פרופ' אלי בעלת הרשאה לטיפול, הוראה ומחקר מדעי של היפנוזה רפואית וקלינית, והיא משמשת זה שנים ארוכות כחברת הוועדה המייעצת לשר הבריאות בנושא זה. מחקרה העכשווי מתרכז בהיבטים הפסיכולוגיים של כאב חריף וכאב כרוני ברפואת שיניים.
פרופ' אלי מאמינה כי שיתוף פעולה בין הנהלת האוניברסיטה לבין הפקולטות השונות חיוני כדי להגביר את הנוכחות של נשים באקדמיה בכלל ובאוניברסיטת תל אביב בפרט.

לדבריה, בשעה ש-58% מכלל הסטודנטים באוניברסיטה הן סטודנטיות, ולמעלה ממחצית ממקבלי התואר השלישי באוניברסיטת תל אביב הן נשים, רק 20% מכלל הפרופסורים מן המניין (הדרגה האקדמית הגבוהה ביותר) הן נשים.
"כאוניברסיטה הגדולה ביותר בישראל, וכמוסד הרואה את עצמו בחזית הקדמה והמחקר בישראל ובעולם, חובה עלינו לפעול לשנות מצב זה", אומרת פרופ' אלי. "עלינו לשאוף לכך ששיעור הנשים, כולל בדרגות הבכירות, ישווה לזה של הגברים. כך, לא רק נעזור לנשים למצות את הפוטנציאל הגלום בהן, אלא גם נרתום פוטנציאל זה לטובת האוניברסיטה והחברה".